東亞核心天文台聯盟(East Asian Core Observatories Association, EACOA) 由創始成員包括日本國立天文台(NAOJ)、 韓國天文研究院(KASI)、 中國國家天文台(NAOC)及本所(ASIAA)的機構首長於2005年簽署備忘錄成立。本聯盟積極發展東亞地區的天文合作,大力支持此區域的國際天文活動,如常態性之學術會議,並於2012年起展開培育青年天文學家的EACOA博士後研究員計畫。
東亞核心天文台聯盟於2014年底在夏威夷登記成立東亞天文台(East Asian Observatory, EAO),由本所賀曾樸院士擔任台長迄今。東亞天文台自2015年3月起接掌運轉位於夏威夷的馬克斯威次毫米波望遠鏡(James Clerk Maxwell Telescope, JCMT),對星際介質的磁場以及宇宙早期星系的形成與演化等領域有卓越的成果。馬克斯威次毫米波望遠鏡也參與了取得人類史上首張黑洞影像的事件視界望遠鏡(Event Horizon Telescope, EHT)國際合作計畫。自2018年起,越南、泰國、香港、馬來西亞、印尼及印度等地的天文機構陸續先成為EAO觀察員,之後香港大學成為東亞天文台副合夥成員,而泰國國家天文台(NARIT)於2021年成為東亞天文台成員。